Байкальский государственный природный биосферный заповедник расположен на смежных  землях трёх административных районов Республики Бурятия: Джидинского, Селенгинского и Кабанского. Заповедная территория занимает центральный участок горного хребта Хамар-Дабан, протянувшегося в широтном направлении вдоль южного побережья озера Байкал. Главный водораздел Хамар-Дабана условно разделяет территорию заповедника на две неравные половины: большую – северную, захватывающую кроме северного макросклона хребта и полосу байкальского побережья, и меньшую – южную. Большая, северная, половина территории заповедника, лежит в пределах Кабанского района, здесь же, в посёлке Танхой, находится и центральная усадьба заповедника.

Северная граница заповедника проходит по берегу Байкала, то отступая, то приближаясь к озеру почти вплотную, оставаясь отделённой от него лишь узкой полосой отчуждения, на которой расположены транссибирская железнодорожная магистраль и федеральная автотрасса. На юге, западе и востоке границы заповедной территории проходят в основном по естественным рубежам – долинам рек: Темник, Левая Мишиха, Выдриная, Верхняя Хандагайта. Общая площадь заповедной территории составляет 167871 га, а протяженность границ достигает 200 километров. По периметру заповедник охватывает замкнутое кольцо охранной зоны. Ширина полосы охранной зоны колеблется от 0.5 до 4 км, общая её площадь - 34788 га.

На территориях Байкальского заповедника и федеральных заказников 

«Алтачейского» и «Кабанского» позвоночных животных насчитывается 360 видов, 

из них 49 видов являются редкими для Бурятии, а 18 видов внесены 

в Красную книгу России. К ним относятся: дрофа, скопа, беркут, 

орлан-белохвост, северный олень, таймень  и другие.

Сохраняется  1279 видов высших растений, более 800 видов  лишайников, 

более 200 видов  грибов . 

Из числа растений  76 видов включены в Красную книгу Бурятии и 20 видов 

включены  в Красную книгу России. 

В их числе эндемики и реликты Хамар-Дабана: сверция байкальская, 

ветреница алтайская, родиола розовая, рябчик Дагана, башмачок крупноцветковый  и другие.